Warja’s Ehemann der Künstler Gottfried Honegger, erhielt in Ardsley, New York, den Auftrag der Pharmazeutischen Firma Geigy, eine eigene Abteilung für Werbung aufzubauen. Zunächst ging er alleine, als Warja aber die Bilder für die Saffa fertiggestellt hatte, reiste auch sie 1958 nach New York. Sie mieteten ein Penthaus im Gebäude genannt „London Terrace“ an der 29. Strasse und 9. Ave. Auf der einen Seite konnte sie die großen Passagierschiffe auf dem Hudson River sehen, auf der anderen Seite in der Nacht das Empire State Building bewundern. Warja hatte nur wenige Aufträge vor allem für die Firma Geigy und die Kinder waren in der Schule. So, begann sie große Gouachen zu malen, in denen sie die Eindrücke der Großstadt und der Malerei neu gewonnenen Freunde wie Sam Francis, George Sugarman, Al Held und Mark Rothko verarbeiten konnte. Insbesondere die Freiheit, mit der die Künstlerfreunde arbeiteten, machten ihr großen Eindruck und sie befreite sich selber. Im Chinatown fand sie die ersten Leporellos, leere Büchlein in die sie zu malen begann. Es entstand der Wilhelm Tell und das Rotkäppchen. Beide Bücher wurden vom Museum of Modern Art New York herausgegeben.
Im Frühjahr 1959 zog die Familie wieder nach Europa. Warja und Gottfried, sowie die Tochter Cornelia blieben in Paris, während Bettina ihre Studien an der Kunstgewerbeschule Zürich aufnahm. In Paris kauften sie eine Wohnung an der Rue Gassendi in der Warja auch nach der Trennung von Gottfried weiter wohnte und arbeitete. Gottfried kaufte sich ein Atelier in der Rue Daguerre. Erfreulicherweise lag die Lithographie Druckerei von Adrien Maeght auch an der Rue Daguerre und als er sie in seine Edition aufnahm, konnte Warja jeden Tag dorthin gehen und den Druck ihrer Bücher begleiten und Korrekturen anbringen. Sie hatte ein wunderbares Verhältnis mit den Druckern und liebte diese Arbeit sehr. So entstand eine schöne Reihe von Büchern, die noch heute gedruckt werden, allerdings nicht mehr von Hand.
